Christophe Pouzat

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MAP5
CNRS UMR 8145
45, rue des Saints Pères
75270 Paris Cedex 06
France
tél : +33176530382
christophe.pouzat-at-parisdescartes.fr

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Parcours

Recherche

Ayant un bagage en neurophysiologie expérimentale, je travaille principalement sur des données de ce domaine. Ce travail peut être scindé en trois catégories – les mots-clés suivant relient les problèmes étudiés à des méthodes statistiques spécifiques :

  • tri des potentiels d'action – réduction de dimensions, classification non supervisée et supervisée, mélanges gaussiens, algorithme EM, MCMC (voir la page Spike sorting pour des explications en anglais) ;
  • analyse des séquences de potentiels d'action – processus ponctuels / processus de comptage, estimation de l'intensité conditionnelle, estimation non paramétrique, splines de lissage, tests de qualité d'ajustement, théorème de Donsker ;
  • imagerie calcique – régression de Poisson, stabilisation de la variance, modèles paramétriques et non paramétriques, segmentation d'images.

Dans tous les projets auxquels je participe, je m'efforce de mettre les principes de recherche reproductible (que je préfère appeler « analyse reproductible de données ») en pratique.

Collaborations

  • Au sein de l'Université Paris-Descartes, je collabore avec :
    • Yves Rozenholc pour le développement de méthodes non-paramétriques pour l'analyse des mesures de concentration calcique par fluorescence ;
    • Avner Bar-Hen pour le développement de tests de qualité d'ajustement pour les modèles de processus de comptage ;
  • Dans le reste du Monde, je collabore avec :
    • Peter Kloppenburg de l'Université de Cologne (Allemagne), ma principale « source de données » ;
    • Chong Gu de l'Université de Purdue (USA) avec lequel nous développons une approche basée sur les splines de lissage de l'estimation de l'intensité des processus de comptage utilisés pour modéliser les séquences de potentiels d'action ;
    • Clément Léna du Groupe Cervelet (Biologie, École Normale Supérieure, Paris) pour l'analyse des enregistrements « MEA » effectués in vivo dans le cervelet de rongeur ;
    • Antoine Chaillet et Georgios Detorakis (Supélec) ainsi que Yann-Suhan Senova (Équipe d'accueil 4391 - Excitabilité nerveuse et thérapeutique, Hôpital Henri Mondor, Créteil, France) pour le tri des potentiels d'action et l'analyse des séquences de potentiels d'action enregistrées in vivo chez le primate dans le cadre du projet ANR SynchNeuro ;
    • Patricia Reynaud-Bouret, Christine Tuleau et Frank Grammont (laboratoire J. A. Dieudonné de l'Université de Nice Sophia-Antipolis) sur l'analyse des séquences de potentiels d'action ;
    • Antonio Galves (NeuroMat at the University of São Paulo) sur le tri des potentiels d'action et l'analyse des séquences de potentiels d'action.

Notes de cours

Séminaires, exposés, etc.

Publications

Mes cinq dernières publications:

  • Christophe Pouzat (2016) Analyse des enregistrements extracellulaires in Les interfaces cerveau-ordinateur 1, édité par Maureen Clerc, Laurent Bougrain et Fabien Lotte, iSTE editions. Le code permettant de refaire les figures est disponible sur GitHub.
  • Christophe Pouzat and Patricia Reynaud-Bouret (2016) Éditorial du numéro spécial sur la statistique et les neurosciences Journal de la Société Française de Statistique (in French) 157(1): 3-5. Le pdf est disponible.
  • Christophe Pouzat, Andrew Davison and Konrad Hinsen (2015) La recherche reproductible : une communication scientifique explicite Statistique et Société (en français) 3(1): 35-38. Le pdf ainsi que des suppléments sont disponibles.
  • Christophe Pouzat and Georgios Is Detorakis (2014) SPySort: Neuronal Spike Sorting with Python Proceedings of the 7th European Conference on Python in Science (EuroSciPy 2014) (web site), edited by Pierre de Buyl and Nelle Varoquaux, pp. 27–34 (arXiv:1412.6383). Une version « détaillée » est disponible, hal-01111654v1 ; les codes ainsi que le fichier source au format org-mode sont disponibles sur GitHub et sur zenodo (doi: 10.5281/zenodo.15070).
  • Sébastien Joucla, Romain Franconville, Andreas Pippow, Peter Kloppenburg and Christophe Pouzat (2013) Estimating background-subtracted fluorescence transients in calcium imaging experiments: a quantitative approach Cell Calcium 54 (2): 71-85.

Plus

Auteur: Christophe Pouzat

Created: 2016-12-16 ven. 14:17

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