Christophe Pouzat

Le 15 avril 2021, le premier tiers du livre co-écrit avec Antonio Galves et Eva Löcherbach est disponible sur HAL : Probabilistic spiking neuronal nets - Neuromathematics for the computer era. Les suggestions, questions, critiques, sont les bienvenues.

Le 9 mars 2021, Statitisque et Société a accepté un court texte où je m'interroge sur l'avenir de la recherche reproductible à la lumière des simulations (pour l'épidémie de Covid-19) du groupe de Neil Ferguson à l'Imperial College. Une version préliminaire est disponible: Pourquoi devrions nous arrêter d'embêter les gens avec la « recherche reproductible » et autres « bonnes pratiques » ?

La version révisée du manuscrit du 10 juillet a été envoyé à l'éditeur le 17 décembre 2020 — elle a été acceptée le 15 avril 2021. Celui-ci nous a suggéré de séparer l'article en 3 parties : la « partie principale » ; un article de données (une brève description des données disponibles publiquement pour les rendre réutilisables par tous) ; un article décrivant la méthode de calcul des barres d'erreur de l'estimateur ratiométrique. Le manscrit de ce dernier article est sur BioRxiv : A Simple Method for Getting Standard Error on the Ratiometric Calcium Estimator. Les codes complétement documentés sont disponibles comme d'habitude sur GitLab : getting-se-on-ratiometric-ca-estimator.

Le 12 décembre j'ai commencé un blog qui discute de science entre autres choses…

Le mardi 17 novembre 2020 le « Live » de Grand Labo était consacré à la recherche reproductible et à ses enjeux, Mathieu Rouault avait invité l'équipe du MOOC / CLOM Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente ainsi que Valerie Orzco et Christophe Bontemps. Vous pouvez revivre l'événement en différé sur YouTube : Recherche reproductible : petites batailles, grands enjeux. Un grand merci à Grand Labo pour cette émission !

Nouveau manuscrit (10 juillet 2020) : Simon Hess, Christophe Pouzat, Lars Paeger, Andreas Pippow, Peter Kloppenburg Analysis of neuronal Ca2+ handling properties by combining perforated patch clamp recordings and the added buffer approach on bioRxiv.

J'ai cosigné les lettres An open letter to Mehra et al and The Lancet et An open letter to Mehra et al and The New England Journal of Medicine, toutes deux initiées par James Watson.

La troisième diffusion du CLOM (Cours en Ligne Ouvert Massif) Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente a comencé en mars, le cours est ouvert pour une durée d'un an (jusqu'en mars 2021). Vous pouvez vous inscrire quand vous voulez (c'est gratuit !). Il a été préparé avec Arnaud Legrand et Konrad Hinsen et est « produit » par le Learning Lab de l'INRIA.

Dans une récente tribune publiée par le quotidien Les Échos, Monsieur Antoine Petit, PDG du CNRS, déclare : « Il faut une loi [de programmation pluriannuelle de la recherche] ambitieuse, inégalitaire - oui, inégalitaire, une loi vertueuse et darwinienne, qui encourage les scientifiques, équipes, laboratoires, établissements les plus performants à l'échelle internationale, une loi qui mobilise les énergies. », cette référence au darwinisme social (qui n'a rien à voir avec Darwin) a fort heureusement provoqué de nombreuses protestations débouchant sur une pétition. Le lecteur de cette page devrait être bien conscient qu'il ne pourrait avoir le loisir de lire ce qui suit si j'avais du être soumis à « une loi vertueuse et darwinienne » ; je m'en explique dans le chapitre : « L'activité et la culture scientifiques à présent et telles qu'elles pourraient être » du livre L’Autre Voie pour l’humanité (édité par André Prone et publié par les éditions Delga).

• Je suis actuellement chercheur CNRS au sein de l'Institut de Recherche Mathématique Avancée (IRMA) de l'Université de Strasbourg.
• De janvier 2012 à août 2020, J'étais chercheur CNRS au sein du MAP5, le laboratoire de mathématiques appliquées de l'Université Paris-Descartes.
• J'ai fait partie, pendant 11 ans (jan. 2001 – déc. 2011), du Laboratoire de Physiologie Cérébrale de la même université.
• J'ai effectué un stage post-doctoral de deux ans (jan. 1999 – déc. 2000) dans le laboratoire de Gilles Laurent au California Institute of Technology.
• J'ai fait ma thèse au Max Planck Institut für biophysikalische Chemie sous la direction d'Alain Marty (fév. 1995 – déc. 1998).

Ayant un bagage en neurophysiologie expérimentale, je travaille principalement sur des données de ce domaine. Ce travail peut être scindé en trois catégories – les mots-clés suivant relient les problèmes étudiés à des méthodes statistiques spécifiques :

• tri des potentiels d'action – réduction de dimensions, classification non supervisée et supervisée, mélanges gaussiens, algorithme EM, MCMC (voir la page Spike sorting pour des explications en anglais) ;
• analyse des séquences de potentiels d'action – processus ponctuels / processus de comptage, estimation de l'intensité conditionnelle, estimation non paramétrique, splines de lissage, tests de qualité d'ajustement, théorème de Donsker ;
• imagerie calcique – régression de Poisson, stabilisation de la variance, modèles paramétriques et non paramétriques, segmentation d'images.

Dans tous les projets auxquels je participe, je m'efforce de mettre les principes de recherche reproductible (que je préfère appeler « analyse reproductible de données ») en pratique.

• Peter Kloppenburg de l'Université de Cologne (Allemagne), ma principale « source de données » ;
• Antonio Galves (NeuroMat at the University of São Paulo) sur le tri des potentiels d'action et l'analyse des séquences de potentiels d'action ;
• Antoine Chaillet et Georgios Detorakis (Supélec) ainsi que Yann-Suhan Senova (THÉRAPIES INNOVANTES DES MALADIES NEUROLOGIQUES ET PSYCHIATRIQUES, IMRB, INSERM U955, Hôpital Henri Mondor, Créteil, France) pour le tri des potentiels d'action et l'analyse des séquences de potentiels d'action enregistrées in vivo chez le primate, le rongeur et le patient parkinsonine dans le cadre du projet ANR SynchNeuro ;
• Patricia Reynaud-Bouret, Christine Tuleau et Frank Grammont (laboratoire J. A. Dieudonné de l'Université de Nice Sophia-Antipolis) sur l'analyse des séquences de potentiels d'action.

• Tests et exécutions conditionnelles, boucles, fonctions de boucles implicites. Traitement des chaînes de caractères (disponible en versions html et pdf). Cours d'approfondissement à R (MNHM, depuis le mecredi 17 avril 2013).
• Deux études de cas présentées aux M1 d'ingénierie mathématique de l'Université Paris-Descartes, l'ensemble du cours est accessible sur le dépôt Gitlab etudes-de-cas-m1 ; les études présentées sont :
  • L'analyse d'enregistrements neuronaux par matrices d'électrodes extracellulaires : le problème du tri des potentiels d'action, le répertoire TriDesPA du dépôt Gilab contient le fichier PDF du premier cours ainsi que le fichier Rmd du second ; du fait du confinement en 2020, une version YouTube des première et seconde parties du cours sont disponibles ;
  • L'analyse de transitoires calciques dans des neurones par mesures de fluorescence, le répertoire FluoCalcium contient les diapos du premier cours et fichier Rmd du second.
• Les anciennes versions de ces études de cas sont toujours disponibles (pour les nostalgiques) :
  • Analyse d'enregistrements neuronaux par matrices d'électrodes extracellulaires : le problème du tri des potentiels d'action : introduction à un problème biologique (jeudi 21 février 2013).
  • Analyse de transitoires calciques dans des neurones par mesures de fluorescence. I et fichier source au format org associé (mardi 19 mars 2013).
  • Analyse de transitoires calciques dans des neurones par mesures de fluorescence. II ; le fichier de présentation (les diapos) et tout le code source sont disponibles sur GitHub, le plus simple est d'aller directement à la rubrique release ou de tout récupérer depuis zenodo, doi: 10.5281/zenodo.15061 (jeudi 12 février 2015).
• Introduction à la statistique et à l'analyse de données (M2 Systèmes complexes 2013).
• Introduction à la statistique et à l'analyse de données (M2 Systèmes complexes 2014).
• Introduction à la statistique et à l'analyse de données (M2 Systèmes complexes 2015) :
  • Notes du cours du jeudi 19 mars 2015.
  • Pour jeudi 26 mars, faire les exercices 1 et 4 page 10, 13 page 12 et 1 page 16. Les notes de cours sont ici.
  • Les premières notes du cours du jeudi 2 avril.
  • Les notes du cours du jeudi 9 avril.
  • Les notes du cours du jeudi 16 avril.
  • Les notes du cours du jeudi 7 mai.
  • Les notes du cours du jeudi 21 mai.
  • Les notes du cours du jeudi 4 juin.
  • L'examen du 18 juin 2015.
• Olfaction des insectes : un cours pour M1 en biologie sur l'olfaction des insectes ; un peu vieux (2006) mais je l'aime bien.
• Études de cas, deux cours sur des applications de maths à des problèmes de neurophysiologie, février et mars 2018, tout se trouve sur le dépôt etudes-de-cas-m1 sur GitLab.

• Quelques problèmes de statistique en neurophysiologie. Séminaire Statistique, IRMA, Strasbourg, le 21 septembre 2020.
• La Recherche Reproductible : C'est quoi ? Pourquoi en faire ? Comment ?. Séminaire donné à l'IDEEV, Gif / Orsay, le 15 novembre 2019. Les fichiers sources sont accessibles depuis un dépôt plmlab.
• De l'aléa dans le cerveau, séminaire du GT Pobas du MAP5 le vendredi 28 juin 2019.
• La Recherche Reproductible : C'est quoi ? Pourquoi en faire ? Comment ?, séminaire infomath du jeudi 18 avril 2019.
• Cours sur l'analyse des données de fluorescence liée au Calcium, donné le 6 février 2018 à l'École de l'INSERM. Tout (ou presque) se trouve sur le dépôt GitLab analyse-des-donnees-de-fluo. Le répertoire textes de ce dépôt contient le fichier source (Pouzat-Analyse-donnees-fluo-20180206.org) et le fichier PDF utilisé pendant le cours : Pouzat-Analyse-donnees-fluo-20180206.pdf.
• Une brève histoire de la recherche reproductible et de ses outils. Communication présentée au mini symposium « Recherche reproductible » du CANUM 2016.
• Enregistrements de populations neuronales : pourquoi et comment ? Un mini cours de trois heures (24 octobre 2014, les diapos sont an anglais, mais le laïus est en français) donné dans le cadre de l' Axe Interdisciplinaire de Recherche de l’Université de Nice – Sophia Antipolis : Modélisation Théorique et Computationnelle en Neurosciences et Sciences Cognitives.
• Version française de ma communication Nonparametric analysis of simultaneously recorded spike trains considered as a realization of a multivariate point process au congrès CANMUM 2014 (4 avril 2014).
• Exposé de soutenance d'HDR, 14 mars 2014, ainsi que les diapos supplémentaires (fichier source org).
• Des données neurophysiologiques aux modèles statistiques et aux développement de logiciels : retour d'expérience sur l'analyse des séquences de potentiels d'action et l'analyse de données de fluorescence liée au calcium. Séminaire donné lors de la deuxième rencontre Math, bio & médecine au sein du PRES Sorbonne Paris Cité, le 19 septembre 2013 (fichier source org).
• Analyse non paramétrique de séquences de potentiels d'action. Construction de modèles et de tests de qualité d'ajustement. Communication donnée aux Premières rencontres R, Bordeaux, 3 juillet 2012 (fichier source org: ce fichier contient une « version longue » de l'exposé).
• Sept ans de recherche reproductible au quotidien : de R / Sweave à Org présenté lors de la Rencontre de réflexion autour de la recherche reproductible, 5 avril 2012, Université d'Orléans (fichier source org).

Mes cinq dernières publications:

• Ali-Kemal Aydin, William D. Haselden, Yannick Goulam Houssen, Christophe Pouzat, Ravi L. Rungta, Charlie Demené, Mickael Tanter, Patrick J. Drew, Serge Charpak & Davide Boido (2020) Transfer functions linking neural calcium to single voxel functional ultrasound signal. Nature Communications 11, 2954.
• Galves, A., Löcherbach, E., Pouzat, C., Presutti E. (2020) A System of Interacting Neurons with Short Term Synaptic Facilitation. J Stat Phys 178: 869–892, 10.1007/s10955-019-02467-1. Une pré-publication est disponible sur arXiv et les codes C avec leur documentation se trouvent sur le site PLMlab.
• Suhan Senova, Cyril Poupon, Julien Dauguet, Hannah Stewart, Guillaume P Dugué, Caroline Jan, Koichi Hosomi, G.S. Ralph, L. Barnes, Xavier Drouot, Christophe Pouzat, Jean François Mangin, Frédéric Pain, Isabelle Doignon, Romina Aron Badin, Emmanuel Brouillet, Edward Boyden, K.A. Mitrophanous, Philippe Hantraye and Stéphane Palfi (2018) Optogenetic Tractography for anatomo-functional characterization of cortico-subcortical neural circuits in non-human primates Scientific Reports 8, 10.1038/s41598-018-21486-8.
• Lars Paeger, Andreas Pippow, Simon Hess, Moritz Paehler, Andreas Husch, Christophe Pouzat, Jens C. Brüning, Peter Kloppenburg (2017) Energy imbalance alters Ca2+-handling and excitability of POMC neurons eLIFE 2017;6:e25641 doi: 10.7554/eLife.25641.
• Stephen Eglen, Ben Marwick, Yaroslav Halchenko, Michael Hanke, Shoaib Sufi, Padraig Gleeson, R Angus Silver, Andrew Davison, Linda Lanyon, Mathew Abrams, Thomas Wachtler, David J Willshaw, Christophe Pouzat, Jean-Baptiste Poline (2017) Toward standard practices for sharing computer code and programs in neuroscience Nature Neuroscience 20: 770-773 (web, cover piece by Stephen Eglen).

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