Christophe Pouzat

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Institut de Recherche Mathématique Avancée (IRMA)
CNRS UMR 7501
7, rue René Descartes
67084 Strasbourg Cedex
France
+33 3 68 85 01 38
christophe.pouzat-at-math.unistra.fr

ORCID iD iconhttps://orcid.org/0000-0002-2844-8099

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Nouvelles

Le 15 avril 2021, le premier tiers du livre co-écrit avec Antonio Galves et Eva Löcherbach est disponible sur HAL : Probabilistic spiking neuronal nets - Neuromathematics for the computer era. Les suggestions, questions, critiques, sont les bienvenues.

Le 9 mars 2021, Statitisque et Société a accepté un court texte où je m'interroge sur l'avenir de la recherche reproductible à la lumière des simulations (pour l'épidémie de Covid-19) du groupe de Neil Ferguson à l'Imperial College. Une version préliminaire est disponible: Pourquoi devrions nous arrêter d'embêter les gens avec la « recherche reproductible » et autres « bonnes pratiques » ?

La version révisée du manuscrit du 10 juillet a été envoyé à l'éditeur le 17 décembre 2020 — elle a été acceptée le 15 avril 2021. Celui-ci nous a suggéré de séparer l'article en 3 parties : la « partie principale » ; un article de données (une brève description des données disponibles publiquement pour les rendre réutilisables par tous) ; un article décrivant la méthode de calcul des barres d'erreur de l'estimateur ratiométrique. Le manscrit de ce dernier article est sur BioRxiv : A Simple Method for Getting Standard Error on the Ratiometric Calcium Estimator. Les codes complétement documentés sont disponibles comme d'habitude sur GitLab : getting-se-on-ratiometric-ca-estimator.

Le 12 décembre j'ai commencé un blog qui discute de science entre autres choses…

Le mardi 17 novembre 2020 le « Live » de Grand Labo était consacré à la recherche reproductible et à ses enjeux, Mathieu Rouault avait invité l'équipe du MOOC / CLOM Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente ainsi que Valerie Orzco et Christophe Bontemps. Vous pouvez revivre l'événement en différé sur YouTube : Recherche reproductible : petites batailles, grands enjeux. Un grand merci à Grand Labo pour cette émission !

Nouveau manuscrit (10 juillet 2020) : Simon Hess, Christophe Pouzat, Lars Paeger, Andreas Pippow, Peter Kloppenburg Analysis of neuronal Ca2+ handling properties by combining perforated patch clamp recordings and the added buffer approach on bioRxiv.

J'ai cosigné les lettres An open letter to Mehra et al and The Lancet et An open letter to Mehra et al and The New England Journal of Medicine, toutes deux initiées par James Watson.

La troisième diffusion du CLOM (Cours en Ligne Ouvert Massif) Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente a comencé en mars, le cours est ouvert pour une durée d'un an (jusqu'en mars 2021). Vous pouvez vous inscrire quand vous voulez (c'est gratuit !). Il a été préparé avec Arnaud Legrand et Konrad Hinsen et est « produit » par le Learning Lab de l'INRIA.

Nouvelles plus anciennes

Dans une récente tribune publiée par le quotidien Les Échos, Monsieur Antoine Petit, PDG du CNRS, déclare : « Il faut une loi [de programmation pluriannuelle de la recherche] ambitieuse, inégalitaire - oui, inégalitaire, une loi vertueuse et darwinienne, qui encourage les scientifiques, équipes, laboratoires, établissements les plus performants à l'échelle internationale, une loi qui mobilise les énergies. », cette référence au darwinisme social (qui n'a rien à voir avec Darwin) a fort heureusement provoqué de nombreuses protestations débouchant sur une pétition. Le lecteur de cette page devrait être bien conscient qu'il ne pourrait avoir le loisir de lire ce qui suit si j'avais du être soumis à « une loi vertueuse et darwinienne » ; je m'en explique dans le chapitre : « L'activité et la culture scientifiques à présent et telles qu'elles pourraient être » du livre L’Autre Voie pour l’humanité (édité par André Prone et publié par les éditions Delga).

Parcours

Recherche

Ayant un bagage en neurophysiologie expérimentale, je travaille principalement sur des données de ce domaine. Ce travail peut être scindé en trois catégories – les mots-clés suivant relient les problèmes étudiés à des méthodes statistiques spécifiques :

  • tri des potentiels d'action – réduction de dimensions, classification non supervisée et supervisée, mélanges gaussiens, algorithme EM, MCMC (voir la page Spike sorting pour des explications en anglais) ;
  • analyse des séquences de potentiels d'action – processus ponctuels / processus de comptage, estimation de l'intensité conditionnelle, estimation non paramétrique, splines de lissage, tests de qualité d'ajustement, théorème de Donsker ;
  • imagerie calcique – régression de Poisson, stabilisation de la variance, modèles paramétriques et non paramétriques, segmentation d'images.

Dans tous les projets auxquels je participe, je m'efforce de mettre les principes de recherche reproductible (que je préfère appeler « analyse reproductible de données ») en pratique.

Collaborations

Notes de cours

Séminaires, exposés, etc.

Publications

Mes cinq dernières publications:

Plus

Auteur: Christophe Pouzat

Created: 2021-04-16 ven. 15:22

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